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Hallo Jochen
Das die Jungtiere sehr schreckhaft sind kann viele Gründe haben,zum Teil ist es aber auch normales Fluchtverhalten zum Eigenschutz.
Es gibt aber auch Faktoren die so ein Verhalten noch Verstärken,daher wäre es nötig das du etwas mehr über die Haltung beschreibst.
Beckengröße,genaue Beleuchtung Einrichtung usw. Fotos vom Becken sind auch immer sehr Hilfreich.

Ein Aufzuchtbecken für eine kleine Gruppe wie deine sollte meiner Meinung nach min 70 x 70 x 70 oder gängige Größe in dem Rahmen. Die Beckengröße in diesem Rahmen ist schon alleine wegen der nötigen Beleuchtung und auch zum Herstellen der nötigen Klimazonen wichtig. Die Erfahrung hast du ja schon selbst gemacht des es nicht so leicht ist in deinem Becken für nötige Luftfeuchte zu sorgen. Ich gehe mal davon aus das du bei deiner Beleuchtung sowas meinst?! http://www.exo-tec.de/cart/pdt1_hx3_p0249_01.jpg
Falls es sowas ist ist sie als Beleuchtung eher ungeeignet da sie kein für die Tiere nötiges UV abgeben.
Was deine Planung für das "große" Becken angeht muss ich dir leider auch sagen das es zu klein wird für diese Tiere.Eine Gruppe von 1,2 Tieren sollten min 200x100x200 bekommen. Desweiteren solltest du auch bedenken das du die Tiere trennen musst falls du 2 Männchen hast.
Schau dir mal folgenden Beitrag an,der sollte dir sicher ein klein wenig helfen.
Eckdaten zur Haltung von Wasseragamen (Physignathus cocincinus & Physignathus lesueurii)

Stell auch mal bitte Fotos vom Terrarium ein dann kann man sicher auch mehr dazu sagen warum die Tiere sich so Verhalten.Das was du geschildert hast kann ein Grund sein,muss aber nicht. Jungtiere dieser Art brauchen wie auch die Ausgewachsenen Tiere Rückzugsmöglichkeiten im Terrarium die man durch Bepflanzung und Einrichtung gut herstellen kann,vorraussetzung ist da natürlich wieder das das Becken passende Maße hat. Es greifen bei solchen Tieren viele Dinge in einander,dazu kommt noch der individuelle Charakter der Tiere,daher ist es schwierig zu sagen das es genau an dem oder dem Punkt liegt.

Das was du meinst ist das Verbreitungsgebiet, ich geh aber stark davon aus das es die selbe Gattung ist wovon ihr spricht.

Könntest du vielleicht Bilder von der Einrichtung deines terrariums einstellen? Ich hab da so ne leichte Vermutung, möchte aber nochz nix sagen bevor ich nicht sehe wie das Terrarium eingerichtet ist.

Im übrigen gebe ich dem Ralf absolut Recht was die Größe des Aufzuchtsbecken angeht, die ist bei dir ein wenig dürftig. Selbst die genannten 70x70x70 die Ralf nannte, sehe ich als absolutes minimum an.

Du hast dir da eine Art ausgesucht die enormen Platzbedarf hat, es wäre echt wünschenswert wenn du mindestens die 200x100x200 hinbekommst als Endterrarium.